La formación en capellanía destaca el impacto social y organizacional del capellán, preparando a los graduados para intervenir en diversos entornos donde convergen diferentes culturas, ideologías e intereses. El objetivo es promover la conciencia social, fortalecer las relaciones humanas y fomentar el bienestar común, todo ello basado en sólidos principios y valores.
El programa de Teología de Emmanuel Christian University forma profesionales capaces de desempeñar labores pastorales y pedagógicas basadas en la reflexión teológica de la Biblia y con la convicción de un llamado vocacional, actuando como agentes de transformación social y espiritual, en su contexto cultural.